Главные персонажи манги – братья Элрики, Эдвард и Альфонс.
Когда-то давно их отец ушел из дома по непонятным для них причинам, а мать через несколько лет умерла. Мальчики, посвятившие свою жизнь изучению алхимии, решили оживить маму, но не учли, что запрет на трансмутацию человека (попытку создать живого "человека") был введен не просто так.
В результате у них ничего не получилось, к тому же Эдвард лишился ноги и руки, а Альфонс тела. Ценою невероятных усилий Эд успел привязать душу Ала к огромным доспехам. С тех самых пор мальчишки ищут возможность вернуть Алу тело. Пройдя через многие испытания, братья узнают многие секреты мира.
Уинри Рокбелл – подруга детства братьев Элриков. Ее родители погибли во время войны в Ишвале, и девочку воспитывала бабушка, Пинако Рокбелл, техник автоброни.
Уинри и сама становится прекрасным техником. 
Рой Мустанг. Полковник армии Аместрис. Участвовал в Ишвальской компании. Огненный Алхимик.
На первый взгляд Рой преследует только свои цели, пробиваясь в высшие чины. Те, кто его знает плохо, может подумать, что он простой карьерист с замашками бабника. Но те, кто служит под его началом, знают, что полковник далеко не так прост. Умный, беззаветно преданный своей стране и своим людям.
Под его началом служат: лейтенант Лиза Хоукай, лейтенант Джин Хавок, лейтенант Ватто Фарман, лейтенант Хайманс Бреда, сержант Каин Фьюри. 
Капитан Маэс Хьюз - сотрудник Департамента Разведки. Друг Мустанга. Очень любит свою жену и дочь. Всем окружающим рассказывает о них. Погибает от рук гомункулов. 
Майор Алекс Луис Армстронг. Представитель одной из самых древних и знаменитых семей Аместриса.
Генерал-лейтенант Оливия Мила Армстронг, Снежная Королева. Старшая сестра небезызвестного Алекса Армстронга.
Госпожа Оливия комендант крепости Бригс, расположенной на севере Аместриса.
Сильная, властная, суровая, холодная, прекрасная женщина. Предпочитает судить о человеке не по его званию, а по его делам.
Считает брата трусом после его отказа сражаться в Ишваре.
Люди, служащие под началом Оливии преданы ей и душой, и телом. Несмотря на свою жесткость, ради своих людей она способна на очень и очень многое. 
Гомункулы: Похоть, Обжорство, Зависть, Жадность, Гнев (так же является фюрером Аместриса Кингом Брэдли), Лень, Гордыня. Их характеры, а так же функции разнятся в первом сезоне аниме и в манге. В манге и втором сериале присутствует так же Отец. Изначальный гомункул. Его создали, используя кровь раба № 23. Которому в благодарность Отец дал имя - Ван Хоэнхайм.
В будущем Ван Хоэнхайм станет отцом Эда и Ала Элриков. 
Шрам. Ишварит, потерявший близких в ишварской бойне. Его родной брат пошел против законов Ишвары и изучал алхимию. От брата Шрам получил руку с татуировкой алхимического круга. Пользуется ею как оружием. 
Линг Яо – принц Син. Прибыл в Аместрис тайно с двумя телохранителями, чтобы найти философский камень. Позже с его помощью был возрожден гомункул Жадность.
Мэй Чан – дочь императора Син, принцесса клана Чан. Пришла в Аместрис в поисках философского камня, чтобы с его помощью помочь больному отцу. В этом сложном и опасном путешествии ее сопровождает лишь миниатюрная панда – Сяо Мэй.
Мэй Чан невероятно талантлива. Владеет алхимией. Способна с ее помощью лечить. Кроме этого, умеет совершать преобразования на расстоянии.
